| TAZ-TFG-2021-4533 |
Asociación de genoma completo en caracteres de crecimiento y calidad de la canal en ganado vacuno pirenaico
Lacambra Sarrablo, Natalia
Varona Aguado, Luis (dir.) ; Martinez Castillero, María (dir.)
Universidad de Zaragoza,
VET,
2021
Departamento de Anatomía, Embriología y Genética Animal, Área de Genética
Graduado en Veterinaria
Resumen: En este estudio se han identificado las regiones genómicas relacionadas con la variabilidad
genética para seis caracteres asociados al crecimiento y calidad de la canal en la raza bovina
Pirenaica. Para ello, se ha utilizado el procedimiento ssGBLUP (single-step Genomic Selection
BLUP) y ssGWAS (single-step Genome Wide Association) a partir de las bases de datos
fenotípicas disponibles en el programa de mejora de la raza bovina Pirenaica. El fichero de datos
consistió en 144,141 datos de Peso al Nacimiento (PN), 53,758 de Peso a los 90 días (P90), 42,277
de Peso a los 210 días (P210), 96,262 de Peso de la Canal Fría (PC), 91,642 de Conformación
(CON) y 91,865 de Engrasamiento (ENG). Además, se dispuso del genotipado de 755 individuos
con el Axiom ® Bovine Genotyping Array, que, tras un filtrado previo mediante plink, contó con
31,509 marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) autosómicos. También se utilizó la
información del Libro Genealógico de la raza que contenía 343,753 entradas individuo-padre-madre.
El análisis se realizó mediante equivalencias con los modelos GBLUP y SNPBLUP para
obtener los efectos de los SNP y se calculó el porcentaje de varianza explicada por las regiones
del genoma compuestas de 50 SNPs. Aquellas regiones que superaron el 1% de varianza genética
aditiva explicada se identificaron como regiones genómicas de interés, y se localizaron en los
cromosomas 1, 6, 7, 11, 13, 16, 17, 18, 19, 20, 21 y 24. Algunas de estas regiones han presentado
efecto pleiotrópico: BTA1 (929617-1901058) para PN y CON, BTA1 (131642361-132470233) para
P90 y CON, BTA6 (37463048-40770870) para PN, P210 y CON, BTA16 (24874723-25949459) para
P90, CON y ENG y BTA24 (43919728-47930702) para P210 y ENG. Entre los genes localizados
merece la pena destacar: MRPS6 y NCK1 en BTA1, LCORL y NCAPG en BTA6, BPNT1 en BTA16 y
el SMAD2 en BTA24.
genética para seis caracteres asociados al crecimiento y calidad de la canal en la raza bovina
Pirenaica. Para ello, se ha utilizado el procedimiento ssGBLUP (single-step Genomic Selection
BLUP) y ssGWAS (single-step Genome Wide Association) a partir de las bases de datos
fenotípicas disponibles en el programa de mejora de la raza bovina Pirenaica. El fichero de datos
consistió en 144,141 datos de Peso al Nacimiento (PN), 53,758 de Peso a los 90 días (P90), 42,277
de Peso a los 210 días (P210), 96,262 de Peso de la Canal Fría (PC), 91,642 de Conformación
(CON) y 91,865 de Engrasamiento (ENG). Además, se dispuso del genotipado de 755 individuos
con el Axiom ® Bovine Genotyping Array, que, tras un filtrado previo mediante plink, contó con
31,509 marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) autosómicos. También se utilizó la
información del Libro Genealógico de la raza que contenía 343,753 entradas individuo-padre-madre.
El análisis se realizó mediante equivalencias con los modelos GBLUP y SNPBLUP para
obtener los efectos de los SNP y se calculó el porcentaje de varianza explicada por las regiones
del genoma compuestas de 50 SNPs. Aquellas regiones que superaron el 1% de varianza genética
aditiva explicada se identificaron como regiones genómicas de interés, y se localizaron en los
cromosomas 1, 6, 7, 11, 13, 16, 17, 18, 19, 20, 21 y 24. Algunas de estas regiones han presentado
efecto pleiotrópico: BTA1 (929617-1901058) para PN y CON, BTA1 (131642361-132470233) para
P90 y CON, BTA6 (37463048-40770870) para PN, P210 y CON, BTA16 (24874723-25949459) para
P90, CON y ENG y BTA24 (43919728-47930702) para P210 y ENG. Entre los genes localizados
merece la pena destacar: MRPS6 y NCK1 en BTA1, LCORL y NCAPG en BTA6, BPNT1 en BTA16 y
el SMAD2 en BTA24.
Tipo de Trabajo Académico: Trabajo Fin de Grado
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