Clinamen2: Functional-style evolutionary optimization in Python for atomistic structure searches
Wanzenböck, Ralf ; Buchner, Florian ; Kovács, Péter ; Madsen, Georg K.H. ; Carrete, Jesús
Resumen: Clinamen2 is a versatile functional-style Python implementation of the covariance matrix adaptation evolution strategy (CMA-ES) utilizing Cholesky decomposition. On top of a problem-agnostic core algorithm, the software package offers a suite of utilities and library code enabling applications to important atomistic structure searches. Features include massively distributed computation and the BI-Population restart scheme. This article details the general code structure and introduces examples that illustrate some relevant applications for the materials science and chemistry worlds, including interfacing to density-functional-theory codes and machine-learned surrogate models. The functional design renders the code modular and adaptable, and makes the creation of interfaces to other atomistic software straightforward.
Idioma: Inglés
DOI: 10.1016/j.cpc.2023.109065
Año: 2024
Publicado en: COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS 297 (2024), 109065 [8 pp.]
ISSN: 0010-4655
Factor impacto JCR: 3.4 (2024)
Categ. JCR: PHYSICS, MATHEMATICAL rank: 4 / 61 = 0.066 (2024) - Q1 - T1
Categ. JCR: COMPUTER SCIENCE, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS rank: 74 / 175 = 0.423 (2024) - Q2 - T2
Factor impacto SCIMAGO: 1.946 - Physics and Astronomy (miscellaneous) (Q1) - Hardware and Architecture (Q1)
Tipo y forma: Artículo (Versión definitiva)
Debe reconocer adecuadamente la autoría, proporcionar un enlace a la licencia e indicar si se han realizado cambios. Puede hacerlo de cualquier manera razonable, pero no de una manera que sugiera que tiene el apoyo del licenciador o lo recibe por el uso que hace. No puede utilizar el material para una finalidad comercial. Si remezcla, transforma o crea a partir del material, no puede difundir el material modificado.
Exportado de SIDERAL (2025-09-22-14:31:23)
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Idioma: Inglés
DOI: 10.1016/j.cpc.2023.109065
Año: 2024
Publicado en: COMPUTER PHYSICS COMMUNICATIONS 297 (2024), 109065 [8 pp.]
ISSN: 0010-4655
Factor impacto JCR: 3.4 (2024)
Categ. JCR: PHYSICS, MATHEMATICAL rank: 4 / 61 = 0.066 (2024) - Q1 - T1
Categ. JCR: COMPUTER SCIENCE, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS rank: 74 / 175 = 0.423 (2024) - Q2 - T2
Factor impacto SCIMAGO: 1.946 - Physics and Astronomy (miscellaneous) (Q1) - Hardware and Architecture (Q1)
Tipo y forma: Artículo (Versión definitiva)
Debe reconocer adecuadamente la autoría, proporcionar un enlace a la licencia e indicar si se han realizado cambios. Puede hacerlo de cualquier manera razonable, pero no de una manera que sugiera que tiene el apoyo del licenciador o lo recibe por el uso que hace. No puede utilizar el material para una finalidad comercial. Si remezcla, transforma o crea a partir del material, no puede difundir el material modificado.Exportado de SIDERAL (2025-09-22-14:31:23)
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Registro creado el 2024-03-22, última modificación el 2025-09-23