Defining the Nature of Thermal Intermediate in 3 State Folding Proteins: Apoflavodoxin, a Study Case
Resumen: The early stages of the thermal unfolding of apoflavodoxin have been determined by using atomistic multi microsecond-scale molecular dynamics (MD) simulations complemented with a variety of experimental techniques. Results strongly suggest that the intermediate is reached very early in the thermal unfolding process and that it has the properties of an “activated” form of the native state, where thermal fluctuations in the loops break loop-loop contacts. The unrestrained loops gain then kinetic energy corrupting short secondary structure elements without corrupting the core of the protein. The MD-derived ensembles agree with experimental observables and draw a picture of the intermediate state inconsistent with a well-defined structure and characteristic of a typical partially disordered protein. Our results allow us to speculate that proteins with a well packed core connected by long loops might behave as partially disordered proteins under native conditions, or alternatively behave as three state folders. Small details in the sequence, easily tunable by evolution, can yield to one or the other type of proteins.
Idioma: Inglés
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1002647
Año: 2012
Publicado en: PLoS Computational Biology 8, 8 (2012), e10026 [15 pp]
ISSN: 1553-734X

Factor impacto JCR: 4.867 (2012)
Categ. JCR: MATHEMATICAL & COMPUTATIONAL BIOLOGY rank: 4 / 47 = 0.085 (2012) - Q1 - T1
Categ. JCR: BIOCHEMICAL RESEARCH METHODS rank: 11 / 74 = 0.149 (2012) - Q1 - T1

Factor impacto SCIMAGO:

Financiación: info:eu-repo/grantAgreement/ES/DGA/B89
Financiación: info:eu-repo/grantAgreement/ES/MICINN/BFU2010-16296
Financiación: info:eu-repo/grantAgreement/ES/MICINN/BIO2009-10964
Tipo y forma: Artículo (Versión definitiva)
Área (Departamento): Bioquímica y Biología Molecular (Departamento de Bioquímica y Biología Molecular y Celular)

Creative Commons Debe reconocer adecuadamente la autoría, proporcionar un enlace a la licencia e indicar si se han realizado cambios. Puede hacerlo de cualquier manera razonable, pero no de una manera que sugiera que tiene el apoyo del licenciador o lo recibe por el uso que hace.


Exportado de SIDERAL (2017-11-28-12:44:58)

Este artículo se encuentra en las siguientes colecciones:
Artículos > Artículos por área > Bioquímica y Biología Molecular



 Registro creado el 2017-11-28, última modificación el 2017-11-29


Versión publicada:
 PDF
Valore este documento:

Rate this document:
1
2
3
 
(Sin ninguna reseña)