Resumen: INTRODUCCIÓN. La aspergilosis es la enfermedad micótica más frecuente en aves. En reptiles, sin embargo, no está suficientemente estudiada. Debido a las características patogénicas del agente, la prevalencia de enfermedad es más alta en individuos silvestres en cautividad. Puede presentar un curso agudo o crónico y se puede distribuir de manera localizada o sistémica. La especie que se aísla con más frecuencia es A. fumigatus. Mediante la combinación principalmente de anatomía patológica y microbiología se puede llegar a un diagnóstico definitivo de género, pero estas pruebas no son tan fiables para determinar la especie. La existencia de especies crípticas (idénticas morfológicamente) y de distintos morfotipos dentro de las especies hace necesaria la utilización de técnicas genéticas de diagnóstico, sobre todo teniendo en cuenta que la identificación de la especie implicada repercute en la epidemiología y en el tratamiento. OBJETIVO. El objetivo principal de este trabajo fue el estudio clínico, anatomopatológico, microbiológico y genético de casos sospechosos de aspergilosis remitidos desde el Centro de Recuperación de Especies Silvestres de La Alfranca (Zaragoza). MATERIAL Y MÉTODOS. Se recogieron las muestras de cinco aves (un quebrantahuesos, un estornino negro, un buitre leonado, una espátula y un azor) y de una tortuga Jicotea. Se analizaron los datos de la historia clínica y necropsia, se analizó histopatológicamente cada muestra y en caso de que se confirmara la presencia de hongos se procedió a su cultivo. Se realizó la caracterización macro y microscópica y se genotiparon los aislados de las muestras mediante la amplificación y secuenciación de un fragmento del gen codificante para la β- tubulina. RESULTADOS. En las cinco muestras de aves se detectó A. fumigatus y en la de la tortuga A. tubingensis. La técnica de identificación molecular resultó ser adecuada para genotipar los aislados de cada muestra.