Abstract: La microbiota intestinal es el conjunto de microorganismos que conviven, a través de una relación comensal en el intestino de los mamíferos, y los genes relacionados que se expresan. Los perros y los gatos poseen sus propias microbiotas, similares entre ellas pero no iguales, y que cumplen una función tanto metabólica como inmunológica para su huésped. La microbiota no solo produce metabolitos que funcionan como energía para las células epiteliales del intestino del huésped o que pueden ser absorbidos, sino que es capaz, mediante señales bioquímicas, de modular la respuesta inmune del huésped. Ello hace que estén íntimamente ligados, el equilibrio de la microbiota, con los estados de salud y enfermedad del huésped. El desequilibrio de la microbiota se denomina disbiosis, la cual se puede medir gracias a la cuantificación de ciertos metabolitos en las heces. El índice de disbiosis parece estar relacionado con ciertas patologías tanto digestivas (enteropatías crónicas) como de otros tejidos alejados del tracto gastrointestinal (insuficiencia renal). Por ello, conocer el efecto sobre la microbiota de factores alterantes, como los antibióticos; o aquellos que la modulan de manera beneficiosa, como los probióticos, pueden ayudarnos a tratar dichas patologías.