Reconstrucción computacional rápida de árboles filogenéticos de SARS-CoV-2.

Gómez Ortego, Óscar
Mayordomo Cámara, Elvira (dir.) ; Hernández Giménez, Mónica (dir.)

Universidad de Zaragoza, EINA, 2022
Departamento de Informática e Ingeniería de Sistemas, Área de Lenguajes y Sistemas Informáticos

Graduado en Ingeniería Informática

Resumen: NCD (Normalized Compressed Distance) es un método de compresión para la creación de filogenias de carácter general. Se inspecciona y se hace uso de este método para formar árboles filogenéticos de COVID-19, ADN mitocondrial y del virus Monkeypox. Exploramos este método con grandes datasets de las fuentes de datos más relevantes, GISAID y Nextstrain, haciendo especial hincapié en esta última y el software que proporciona para el análisis de patógenos. Se han creado árboles filogenéticos de hasta 500 secuencias, con el objetivo de comprobar si el método es apto para grandes filogenias. La comparación de este método con otros de la actualidad basados en el alineamiento de secuencias ha concluido que estos habían avanzado mucho más rápido y obtenían tiempos de ejecución mucho menores que NCD, probablemente debido a la rapidez del proceso de multialineamiento cuando existe una secuencia de referencia. Sin embargo, a nivel cualitativo, los resultados fueron bastante buenos y aptos para el análisis.

Tipo de Trabajo Académico: Trabajo Fin de Grado