Resumen: El Complejo Mayor de Histocompatibilidad (MHC) es un conjunto de genes que codifican proteínas capaces de presentar antígenos a las células del sistema inmune. A través del serotipado se determinaron 19 serotipos del MHC equino, mientras que con el análisis de marcadores microsatélites se han encontrado un elevado número de haplotipos en las distintas razas estudiadas. La variabilidad del MHC difiere entre unas razas y otras, presentando algunas mayor cantidad de haplotipos distintos que otras, y está influenciada en gran medida por la estrategia reproductiva. El sistema inmune es el encargado de proteger al organismo frente a agentes extraños a través de distintas respuestas y células inmunes. Las moléculas MHC presentan los antígenos a los linfocitos y se dividen en clase I y clase II. La clase de moléculas MHC que presenta los antígenos determina el tipo de respuesta y las células que se activan según el agente al que se exponen. Aunque existen diferentes terapias regenerativas utilizadas para tratar lesiones musculoesqueléticas en caballos, las células madre mesenquimales (MSCs) son una de las más utilizadas tanto de forma autóloga como alogénica. El tratamiento alogénico puede presentar más beneficios terapéuticos, sin embargo, a pesar de que las MSCs cuenta con cierta capacidad inmunomoduladora, este tipo de administración puede desencadenar una respuesta humoral y celular en el paciente si su MHC no es compatible con el del donante, produciendo un fracaso del tratamiento. Por eso, para evitar el rechazo es interesante determinar los haplotipos tanto de donantes como de receptores. También se han realizado diversos estudios sobre la relación entre la resistencia o susceptibilidad a enfermedades y el MHC equino en los que se ha podido determinar la asociación de ciertos haplotipos y alelos con mayor resistencia o susceptibilidad a enfermedades concretas, pero sigue siendo necesaria más investigación sobre este tema.