Activación de la proteína de envoltura tóxica del retrovirus endógeno (HERVW-ENV) inducida por SARS-CoV-2

Domingo Lamelas, Carlota
Schoorlemmer, Jon (dir.)

Universidad de Zaragoza, CIEN, 2024
Departamento de Bioquímica y Biología Molecular y Celular, Área de Bioquímica y Biología Molecular

Graduado en Biotecnología

Resumen: El COVID-19 es una enfermedad infecciosa causada por el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Se ha demostrado que la sobreexpresión de la proteína viral HERV-W-ENV, producida por retrovirus endógenos humanos se induce durante la infección por SARS-CoV-2 y se encuentra en niveles altos en la sangre de pacientes con COVID-19 agudo grave. Los retrovirus endógenos son secuencias genómicas repetitivas con origen viral, provenientes de antiguas infecciones que afectaron a la línea germinal (ocupan en torno a 8% del genoma). Hay dos familias de estos retrovirus endógenos, HERV-W y HERV-K, que están especialmente implicadas en la patología de enfermedades inflamatorias. El gran número de copias existente y la homología entre sus secuencias dificulta la diferenciación entre las copias patogénicas y las que no lo son, además de la detección y ubicación de las posiciones que ocupan en el genoma.
El presente trabajo describe intentos de determinar y analizar el RNA de HERV-W ENV. En primer lugar, describe los niveles de el RNA de HERV-W ENV sangre periférica de pacientes de COVID persistente. El método ideal para análisis de elementos retrovirales es “long-read sequencing” (PacBio y Nanopore). Para ello el grupo de investigación usa una sonda específica para HERV-W ENV con el fin de seleccionar las secuencias que se pretenden analizar por secuenciación. Para llegar a este punto es necesario optimizar los pasos anteriores del proceso. Este trabajo evalúa si la sonda realmente es específica para secuencias HERV-W ENV o si su uso también resulta en la selección de secuencias de la familia HERV-K.

Tipo de Trabajo Académico: Trabajo Fin de Grado