Resumen: En este trabajo tomamos como referencia el modelo epidemiológico SIMS para analizar las trayectorias epidémicas que tienen lugar al incluir mutaciones virales. Para ello, primero describimos el marco teórico de las redes de genotipos y después introducimos el modelo, que tiene en cuenta el contagio, las mutaciones entre cepas y la dinámica de inmunidad. Analizamos cómo las distintas escalas temporales de estos procesos afectan conjuntamente a la evolución de una epidemia, teniendo en cuenta tanto la memoria inmunológica que desarrollan los individuos que ya han superado una cepa como la adquisición de inmunidad cruzada. Una vez caracterizado el modelo, estudiamos cómo la topología de la red de genotipos afecta a la evolución de la epidemia, mostrando que el estado endémico puede ser de prevalencia fija o con olas epidémicas, cambiando únicamente la topología de la red. Finalmente, estudiamos las trayectorias epidémicas que se obtienen empleando redes de genotipos reales y caracterizamos el recorrido viral a través de su mesoescala.