Abstract: Introducción: La enfermedad celíaca (EC) es una patología infra-diagnosticada. Las pruebas serológicas y genéticas aportan una información fundamental que en la mayoría de los casos, debe apoyarse en un estudio anátomo-patológico. Sin embargo, las lesiones histológicas encontradas no son patognomónicas y los criterios utilizados para su evaluación varían en función del entorno y del patólogo que realiza el examen. Objetivo: Describir las características de las muestras biópsicas de pacientes con sospecha de enfermedad celíaca, recibidas en el Departamento de Anatomía Patológica del Hospital Clínico Universitario Lozano Blesa de Zaragoza, estudiando los factores que influyen en su evaluación. Material y métodos: Se realizó un estudio descriptivo transversal donde se evaluaron las características clínicas e histológicas de las biopsias de duodeno de 40 pacientes recibidas en el Departamento de Anatomía Patológica para el estudio y diagnóstico de enfermedad celíaca procedentes de las Unidades de Enfermedad Celíaca y de Endoscopias Digestivas del Servicio de Digestivo de dicho hospital. Una segunda evaluación de las muestras fue realizada por un evaluador ajeno al servicio con el objetivo de llevar a cabo un estudio de variabilidad inter-observador. Resultados: Sólo el 17,5% de las muestras cumplieron todos los criterios diagnósticos de enfermedad celiaca. Entre los que no cumplían criterios, la lesión más prevalente fue la de tipo Marsh 1 (30%). Hasta un 69,7% de los fragmentos evaluados no cumplían criterios de buena orientación. Se encontraron una asociación significativa entre la presencia de H. Pylori y la lesión Marsh 1. No se encontraron diferencias en la evaluación de la linfocitosis intraepitelial por 100 enterocitos o por 20 enterocitos situados en la punta de las vellosidades. El estudio de variabilidad inter-observador mostró grados de concordancia moderada al evaluar el grado de linfocitosis y de atrofia vellositaria. Conclusión: La mala calidad de las muestras y la falta de uniformidad en su evaluación, disminuyen la fiabilidad del estudio anátomo-patológico en nuestro entorno, por lo que es necesario implantar unos criterios uniformes en el proceso de extracción y orientación de la muestra y un protocolo diagnóstico que mejore la calidad de la evaluación.