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000005002 005__ 20150325135459.0
000005002 037__ $$aTAZ-PFC-2010-169
000005002 041__ $$aspa
000005002 1001_ $$aMarco Sola, Santiago
000005002 24500 $$aAnálisis y optimización de GEM: una librería para el análisis e indexación de información genética
000005002 260__ $$aZaragoza$$bUniversidad de Zaragoza$$c2010
000005002 506__ $$aby-nc-sa$$bCreative Commons$$c3.0$$uhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/
000005002 520__ $$aLa librería GEM, que utiliza la transformada de Burrows-Wheeler y los índices de Ferragina-Manzini, es utilizada por los centros de investigación genómica para indexar grandes cantidades de pequeñas secuencias de DNA. Esta librería proporciona un conjunto de operaciones para anlizar de forma eficiente las secuencias dentro de un índice genómico. Por ello, se busca maximizar el rendimiento de esta aplicación en el entorno de producción. Este Proyecto Fin de Carrera consiste en analizar y evaluar la librería, sus estructuras y mecanismos de indexación. Se analiza su rendimiento y comportamiento en memoria prestando especial atención al uso que realiza de la jerarquía de memoria. Así bien, se muestra cuales son los cuellos de botella. Además, se plantean alternativas de implementación enfocadas a mejorar el rendimiento de la librería. Se proponen mejoras tanto a nivel algoritmo como consientes de la arquitectura. Una vez expuesto el análisis sobre la librería se exponen los resultados derivados de la implementación de las optimizaciones. Se muestran los resultados de ajustar los parámetros de optimización, los costes y resultados. De este modo, se analiza desde una perspectiva cualitativa y cuantitativa el impacto de las optimizaciones en la librería y porque ayudan a mejorar el rendimiento global de la librería. Por otro lado, se exponen los resultados de varios estudios relacionados con el impacto de las opciones de compilación en la librería, la organización a bajo nivel del índice en memoria, la distribución de las bases en el índice y la implementación de operaciones en el camino crítico de la aplicación. Por último, se realiza una aproximación a una versión paralela de la librería. Esta ha sido implementada y evaluada en términos de rendimiento y escalabilidad. Se justifica la solución adoptada y los resultados obtenidos. Se finaliza haciendo una evaluación del trabajo realizado y el planteamiento de objetivos en la línea del presente Proyecto Fin de Carrera.
000005002 521__ $$aIngeniero en Informática
000005002 540__ $$aDerechos regulados por licencia Creative Commons
000005002 6531_ $$aGEM
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000005002 700__ $$aAlbericio Latorre, Jorge$$edir.
000005002 7102_ $$aUniversidad de Zaragoza$$bInformática e Ingeniería de Sistemas$$cArquitectura y Tecnología de Computadores
000005002 7202_ $$aIbáñez Marín, Pablo$$eponente
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