Resumen: El síndrome del intestino irritable (SII) es un trastorno funcional gastrointestinal cuya fisiopatología se desconoce todavía. La evidencia recogida hasta la fecha indica un probable origen multifactorial: alteraciones en la señalización entre el cerebro y el intestino, comorbilidad psiquiátrica y alteraciones en la microbiota gastrointestinal, entre otros factores. Se ha dado especial relevancia al papel que juega el sistema inmune, protagonizado por las citoquinas proinflamatorias, linfocitos T y mastocitos. A su vez, la presencia de inflamación de bajo grado en los pacientes con SII ha permitido plantear la hipótesis de que este síndrome sea, en realidad, un trastorno funcional con base orgánica. Las pruebas de imagen cerebrales han permitido establecer algunos patrones de actividad y corroborar la hipersensibilidad visceral como uno de los factores clave en esta patología. A pesar de su alta prevalencia, todavía no se dispone de un tratamiento eficaz. Las futuras investigaciones deberían centrarse en identificar los cambios clave en el sistema inmune y la microbiota intestinal y analizar en profundidad las interacciones que se dan entre los sistemas inmune, endocrino y nervioso para poder esclarecer la fisiopatología de este síndrome. Los objetivos de este trabajo son revisar y discutir el papel principal que tiene la activación del sistema inmune, especialmente, las citoquinas inflamatorias; las vías que unen la comorbilidad psiquiátrica con esta patología; el eje cerebro-intestino y su comunicación bidireccional; las alteraciones de la microbiota gastrointestinal; el papel de la serotonina, la disfunción autonómica y la hipersensibilidad visceral; y el CRF (corticotropin releasing factor), así como la interrelación entre todos ellos como causantes o determinantes de este síndrome. Finalmente, se propone una hipótesis unificadora de todos los mecanismos tratados en este trabajo en un intento de dar más luz a la fisiopatología del SII.