000059082 001__ 59082 000059082 005__ 20170127103258.0 000059082 037__ $$aTAZ-TFG-2016-3137 000059082 041__ $$aeng 000059082 1001_ $$aGarcía Cebollada, Héctor 000059082 24200 $$aGene co-expression network analysis in "Mycobacterium tuberculosis" 000059082 24500 $$aAnálisis de redes de coexpresión génica en "Mycobacterium tuberculosis" 000059082 260__ $$aZaragoza$$bUniversidad de Zaragoza$$c2016 000059082 500__ $$aAporta en secretaría copia física de la memoria con los anexos. Resumen y conclusiones disponibles en inglés y español 000059082 506__ $$aby-nc-sa$$bCreative Commons$$c3.0$$uhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/ 000059082 520__ $$aTuberculosis is a poverty-linked illness that can be lethal, especially in combination with HIV. In this work, we perform a Systems Biology approach to its causal agent, Mycobacterium tuberculosis, to try to unravel the regulatory mechanisms used as a response to the kinds of stress it usually finds in its intracellular niche, the endosomes. For this purpose, an already developed method for gene co-expression networks is applied to the publicly available data of high throughput transcriptome data for Mycobacterium tuberculosis under different conditions of stress, making a multilayer network, where each layer is a different type of stress. To find differences between the different kinds of stress, distance metrics between the conditions have been developed and an analysis of the whole multilayer network has been performed to find general and specific stress response genes. To be able to identify differences between two different types of stress, differential co-expression networks have been built. As there is no consensus on a method for this, we have developed a new method for thresholding and differential co-expression networks analysis that solves problems found in previous methods, especially those concerning loss of significant data and inability to identify genes with alternate regulatory mechanisms. To validate the biological relevance all methods, data enrichment has been performed with the obtained results, showing concordant results with already published data, such as the importance of oxidative phosphorilation for adaptation to stress, specific proteins for oxidative stress such as CysD, lower differences when comparing the stresses happening in the endosome between them than when comparing with a kind of stress from outside of the endosome (UV) and a direct correlation between ribosomal proteins and proteins responding to any stress. However, further validation and improvement is required for this method. La tuberculosis es una enfermedad ligada a la pobreza que causa la muerte, especialmente combinada con VIH. Aquí realizamos una aproximación de Biología de Sistemas al patógeno causal, Mycobacterium tuberculosis, para descubrir los mecanismos reguladores desencadenados como respuesta a los diferentes tipos de estrés de su nicho intracelular, los endosomas. Para ello, aplicamos un método ya desarrollado de redes de co-expresión génica sobre los datos transcriptómicos de “alto rendimiento” públicamente disponibles en Mycobacterium tuberculosis sometida a diversos tipos de estrés, generando una red multicapa, donde cada capa es un tipo diferente de estrés. Para hallar diferencias entre los diferentes estreses, se han desarrollado medidas de distancia entre las condiciones y se ha estudiado la red multicapa como un conjunto, para identificar genes de respuesta a estreses genéricos y específicos de estrés. Se han construido redes de co-expresión diferencial de genes para identificar diferencias entre dos tipos concretos de estrés. Al no haber consenso en un método para ello, hemos desarrollado un nuevo método para determinar un umbral de significancia y análisis de la red que resuelve algunos problemas de los métodos anteriores, especialmente los relacionados con la pérdida de datos significativos y con la incapacidad para detectar genes con mecanismos reguladores alternativos. Para validar la relevancia biológica de los métodos, se ha realizado enriquecimiento de datos con los resultados obtenidos, mostrando resultados acordes con la literatura publicada actual, como la importancia de la fosforilación oxidativa en la adaptación al estrés, proteínas específicas para el estrés oxidativo como CysD, menores diferencias entre los estreses fisiológicos del endosoma que al comparar uno de estos estreses con otro estrés de fuera del endosoma (UV) y una correlación directa entre los niveles de proteínas ribosomales y de respuesta a cualquier estrés. Sin embargo, es necesario mejorar y validar este método aún más. 000059082 521__ $$aGraduado en Biotecnología 000059082 540__ $$aDerechos regulados por licencia Creative Commons 000059082 700__ $$aMoreno Vega, Yamir$$edir. 000059082 7102_ $$aUniversidad de Zaragoza$$bFísica Teórica$$cFísica Teórica 000059082 8560_ $$f553624@celes.unizar.es 000059082 8564_ $$s1552008$$uhttps://zaguan.unizar.es/record/59082/files/TAZ-TFG-2016-3137_ANE.pdf$$yAnexos (eng) 000059082 8564_ $$s2494705$$uhttps://zaguan.unizar.es/record/59082/files/TAZ-TFG-2016-3137.pdf$$yMemoria (eng) 000059082 909CO $$ooai:zaguan.unizar.es:59082$$pdriver$$ptrabajos-fin-grado 000059082 950__ $$a 000059082 951__ $$adeposita:2017-01-26 000059082 980__ $$aTAZ$$bTFG$$cCIEN