Resumen: El género Brachypodium, perteneciente a las gramíneas, se distribuye por los cinco continentes del mundo y su estudio se está poniendo de relevancia por ser un buen modelo de monocotiledoneas. En este trabajo se han estudiado dos especies dentro de este género, Brachypodium pinnatum (L.) P. Beauv y Brachypodium rupestre (Host) Roem. & Schult. Se han realizado varias pruebas micromorfológicas y citogenéticas con el fin de encontrar caracteres discriminantes entre ambas. Se han estudiado un total de 10 taxones de B. pinnatum: un diploide (2x) con 2n=16, tres diploides (2x) con 2n=18 y seis tetraploides (4x) con 2n=28. También se han estudiado 16 taxones de B. rupestre: tres diploides (2x) con 2n=18, nueve tetraploides (4x) con 2n=28 y cuatro “hexaploides” (6x) con 2n=38. Para la identificación de las especies se han realizado cortes transversales de las hojas y moldes foliares del envés y del haz, determinando que la presencia de pelos espinosos en el envés es un buen carácter para este fin. Aun así, se han encontrado resultados poco resolutivos. Se ha contado el número cromosómico de los taxones a partir de cromosomas metafásicos de células radiculares. Todos los números cromosómicos encontrados coinciden con los descritos hasta ahora por otros autores, a excepción de los B. rupestre “hexaploides”. Para esta especie con esta ploidía se atribuyen 36 cromosomas, en nuestro caso se han contabilizado 38. También se ha medido el tamaño genómico (TG) 2C, de células somáticas de las hojas, mediante citometría de flujo. Ambas especies presentan tamaños similares para mismas ploidías. Con valores de alrededor de 0,8-0,9 pg para los diploides, 1,4-1,5 pg para los tetraploides y 2,2-2,3 pg para los “hexaploides”. Estos TG coinciden con otros trabajos que han empelado esta misma técnica. Se han identificado las regiones ribosomales 5S y 25S del ADN mediante la técnica de Hibridación Fluorescente In Situ (FISH). Ambas especies presentan el mismo número de regiones 5S para una misma ploidía. Encontramos dos sitios de hibridación para la región 5S en el caso de los diploides, cuatro sitios para los tetraploides y seis sitios para los “hexaploides”. Se concluye por tanto que el número de regiones no puede ser empleado como carácter diferenciador entre ambas especies. Pero puede servir para plantear hipótesis sobre posibles parentescos y relación con otras especies de Brachypoidum de las cuales se conoce su número cromosómico y regiones ribosomales 5S. Un posible parental de los alotetraploides de ambas especies de estudio podría ser B. distachyon (o algo similar) con 2n=10. El otro parental sería un diploide de cada una de las especies o un ancestro común del núcleo-perenne con 2n=18. El origen de los “hexaploides” de B. rupestre podría ser una alopoliploidía formada por la unión de B. distachyon (o algo similar) 2n=10 con un diploide de B. rupestre 2n=18 y con otro ancestro desconocido con 2n=10.