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000096600 005__ 20201120151212.0
000096600 037__ $$aTAZ-TFG-2020-1980
000096600 041__ $$aspa
000096600 1001_ $$aLópez Villellas, Lorién
000096600 24200 $$aParallel constraint solver for linear molecules with identical side chains
000096600 24500 $$aMétodo paralelo para la resolución de ecuaciones de ligadura para moléculas lineales con ramificaciones laterales idénticas
000096600 260__ $$aZaragoza$$bUniversidad de Zaragoza$$c2020
000096600 506__ $$aby-nc-sa$$bCreative Commons$$c3.0$$uhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/
000096600 520__ $$aMediante la dinámica molecular se puede simular el comportamiento de un sistema de átomos a lo largo del tiempo. Esta herramienta permite realizar experimentos sin necesidad de disponer de las sustancias reales, lo que aumenta la accesibilidad y reduce el coste de los experimentos. Entre otras muchas aplicaciones, la dinámica molecular se usa para el diseño de nuevos fármacos o el análisis de materiales. A la hora de realizar experimentos, se acostumbra a restringir algunos de los grados de libertad internos del sistema a estudiar para aumentar el paso temporal de la simulación. Una de las restricciones más comúnmente aplicadas es la imposición de ligaduras (restricción en la longitud del enlace de una pareja de átomos). Los métodos más usados para imponer ligaduras convergen muy lentamente y están basados en aproximaciones que afectan a su estabilidad numérica. Esta forma de implementar imposiciones de ligadura puede ser reemplazada por cálculos analíticos, lo que aumenta la eficiencia y la precisión de los experimentos.<br />En este proyecto se presenta una implementación paralela de ILVES, un nuevo algoritmo para imponer ligaduras que converge cuadráticamente. Se ha abordado la resolución de ecuaciones de ligadura para moléculas compuestas por cadenas de átomos lineales con ramificaciones lineales idénticas, y se ha conseguido extender la implementación para moléculas compuestas por cadenas de átomos reales con ramificaciones reales idénticas. La versión paralela de ILVES implementada es capaz de explotar el paralelismo vectorial (unidades funcionales capaces de operar con múltiples datos) y el paralelismo multinúcleo (procesadores que integran varios núcleos de ejecución, cores) existentes en los procesadores comerciales actuales, por lo que mejora el rendimiento de otros métodos de imposición de ligaduras. Además, resuelve eficientemente las ecuaciones de ligadura hasta el límite de precisión máquina.<br /><br />
000096600 521__ $$aGraduado en Ingeniería Informática
000096600 540__ $$aDerechos regulados por licencia Creative Commons
000096600 700__ $$aAlastruey Benedé, Jesús$$edir.
000096600 700__ $$aIbáñez Marín, Pablo Enrique$$edir.
000096600 7102_ $$aUniversidad de Zaragoza$$bInformática e Ingeniería de Sistemas$$cArquitectura y Tecnología de Computadores
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