Resumen: Las enfermedades priónicas o encefalopatías espongiformes transmisibles (EET) son un grupo de trastornos cerebrales degenerativos de los mamíferos, caracterizados por la conversión de la proteína priónica normal (PrPC) a su forma patogénica (PrPSc). La infección del sistema nervioso central (SNC) por PrPSc da lugar a un cuadro neuropatológico típico de degeneración espongiforme, pérdida neuronal y perturbación sináptica. El ovino con Scrapie es un modelo animal natural para el estudio de la neuropatología asociada a las enfermedades priónicas. Los estudios trasncriptómicos, como arrays de cDNA y RNAseq, ponen de manifiesto alteraciones de múltiples vías celulares y cambios en los perfiles de expresión génica que permiten el seguimiento del estado neurodegenerativo y predicción de su evolución. Hasta la fecha, en el modelo ovino no se ha llevado a cabo ningún estudio de expresión diferencial en Scrapie mediante secuenciación masiva de RNA, aunque sí que hay estudios centrados en el análisis de los perfiles de miRNA. En el trabajo presente se analizaron los resultados de la secuenciación masiva de RNA de muestras control, preclínicas y clínicas de tejido nervioso central de ovino con Scrapie. Se realizó un análisis bioinformático de los resultados, estudiando la expresión diferencial de los genes identificados en la comparación entre grupos y analizando el enriquecimiento de las vías celulares más representativas. Una profunda revisión bibliográfica de las mismas permitió establecer su implicación de ciertas rutas moleculares en la neuropatología de la enfermedad. Además, se identificaron potenciales biomarcadores tempranos de enfermedad, estableciendo su relación con otras patologías neurodegenerativas humanas y se pusieron a punto las condiciones de amplificación mediante PCR cuantitativa a tiempo real (qRT-PCR) para la validación del grupo de genes seleccionado.