97979 20210118122901.0 TAZ-TFG-2020-3216 spa Santesteban Azanza, Regina Computacional methods for the characterization of causal relations between genotype and phenotype: Heredability of genetic expression and coexpresion Métodos computacionales para la caracterización de relaciones causales entre genotipo y fenotipo: Heredabilidad de la expresión y coexpresión genética Zaragoza Universidad de Zaragoza 2020 by-nc-sa Creative Commons 3.0 http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0/ En este trabajo, se propone una metodología para inferir redes causales de regulación<br />genética a partir de datos transcriptómicos de RNA-seq, combinados con datos<br />genéticos recolectados en los mismos individuos.<br />Para la implementación de dicha metodología, se estudian e integran tres tipos de<br />análisis distintos que se aplican normalmente de manera independiente: 1. la<br />caracterización de redes de coexpresión, 2. el mapado de EQTLs y 3. la randomización<br />mendeliana. Partiendo de relaciones simétricas de coexpresión entre genes (1), se<br />pretende usar los efectos genéticos independientes que ambos genes sufren,<br />asociados a la presencia de variantes genéticas en sus vecindades (cis-eQTLs, 2) para<br />discernir la direccionalidad de la eventual relación causal existente entre los genes<br />coexpresados. Este último paso se lleva a cabo aplicando randomización mendeliana<br />(3). De este modo, se pretende caracterizar qué fracción de los niveles de correlación<br />encontrados entre diversos pares de genes es explicado por efectos genéticos sobre<br />cada uno de los genes que participan en la interacción, o dicho de otro modo, cuál es la componente de dichas correlaciones que puede rastrearse a un efecto genético (i.e. es<br />heredable). Para ello se analizarán, a modo de ejemplo, datos transcriptómicos correspondientes a macrófagos humanos, extraídos de un panel de 90 donantes voluntarios, cuyos genotipos fueron caracterizados independientemente en el contexto de un proyecto<br />de investigación en curso en el que participan los tutores de este TFG.<br />A nivel formativo, este TFG tiene como principal objetivo la exposición de las principales metodologías experimentales en genómica<br />contemporánea, especialmente transcriptómica y caracterización genotípica de<br />variantes genéticas, así como la exploración de herramientas computacionales de<br />amplia implantación en el campo, combinadas alrededor del pipeline analítico<br />descrito.<br /><br /> Graduado en Física Derechos regulados por licencia Creative Commons Sanz Remón, Joaquín dir. Bruscolini, Pierpaolo dir. Universidad de Zaragoza 704719@unizar.es 1221576 http://zaguan.unizar.es/record/97979/files/TAZ-TFG-2020-3216_ANE.pdf Anexos (spa) 1433810 http://zaguan.unizar.es/record/97979/files/TAZ-TFG-2020-3216.pdf Memoria (spa) oai:zaguan.unizar.es:97979 driver trabajos-fin-grado deposita:2021-01-18 TAZ TFG CIEN 20200713210519.CREATION_DATE