Resumen: Las enfermedades fúngicas de la madera de la vid (EMV) se han convertido en un importante desafío para la viticultura en las últimas 2-3 décadas, al generar graves pérdidas económicas en las plantaciones. Esto se debe a la falta de medidas completamente efectivas para su control. La adopción de estándares fitosanitarios más respetuosos con el medio ambiente en la Unión Europea y otras zonas productoras mundiales, con la prohibición de productos fitosanitarios efectivos, y la generalización de nuevos sistemas de manejo más intensivos y exigentes desde el punto de vista de la biología de la planta, han contribuido al aumento de su incidencia en los últimos años. Uno de los impactos socioeconómicos más destacados de estas enfermedades son las pérdidas económicas y problemas asociados a la producción y establecimiento de material vegetal de nueva plantación. La presente Tesis Doctoral se centra en la búsqueda y desarrollo de alternativas de control novedosas y respetuosas con el medio ambiente, conforme a los principios de la Gestión Integrada de Plagas. Con esta visión, se ha evaluado la eficacia de extractos naturales obtenidos de diversas especies vegetales, formulados para potenciar su efecto y capacidad antimicrobiana, y el potencial de microorganismos endofíticos (hongos y bacterias) nativos de la planta de la vid como antagonistas microbianos y/o promotores del crecimiento frente a patógenos responsables de las EMVs, especialmente aquellos que afectan a plantas jóvenes. Estos objetivos se han abordado mediante la realización de ensayos tanto in vitro como in vivo. Los resultados obtenidos en los tratamientos basados en complejos conjugados con oligómeros de quitosano y esteviósido, en el caso del control mediante extractos vegetales, y los observados con un aislado de Bacillus velezensis, en el caso de abordaje mediante el empleo de antagonistas microbianos, sugieren que pueden ser una opción prometedora para reducir la dependencia de fitosanitarios de síntesis química en el control de las EMV. Además, la encapsulación de estos agentes terapéuticos en nanotransportadores y su liberación controlada, ensayada mediante endoterapia en parcelas de la D.O.P. Somontano infectadas de forma natural con este tipo de patógenos, ha conducido a resultados que indican la necesidad de ampliar las investigaciones sobre el tipo de nanotransportador empleado y la época fenológica de aplicación. Manteniendo un marco conceptual de Gestión Integrada de Plagas, estas investigaciones se han complementado con un cribado de fuentes de resistencia natural a patógenos en genotipos de vid del Banco de Germoplasma de la Vid de Aragón. También se ha llevado a cabo un estudio comparativo de las comunidades microbianas fúngicas en dos viñedos situados en la misma unidad biogeográfica de la D.O.P. Somontano, empleando tanto secuenciación de alto rendimiento como métodos microbiológicos clásicos. En el primer caso, los resultados sugieren que las fuentes y genes de resistencia natural a este tipo de fitopatógenos no son muy abundantes y que esta resistencia es de carácter cuantitativo en virtud del comportamiento observado en los genotipos ensayados. En lo que respecta al estudio comparativo de las comunidades microbianas, los resultados han demostrado la utilidad de combinar ambos tipos de metodología para obtener una caracterización más completa de la diversidad microbiana y para tomar decisiones informadas sobre los tratamientos de control según el estado fitosanitario de cada viñedo en particular.