Resumen: Las amebas de vida libre son protozoos que se encuentran de forma habitual en ambientes acuáticos (ríos, lagos, agua de red, piscinas, etc.), por lo que la población se ve expuesta constantemente a este tipo de microorganismos. Algunas especies de amebas de vida libre son patógenas, causando enfermedades en el hombre y los animales como la queratitis amebiana, que afecta al estroma corneal y es muy difícil de tratar ya que estos protozoos pueden adoptar formas de resistencia llamadas quistes y volver a crecer una vez acabado el tratamiento; de hecho, actualmente no existe un tratamiento universal efectivo para la queratitis amebiana. Por otro lado, las amebas de vida libre son capaces de albergar bacterias en su interior, protegiéndolas de los tratamientos de desinfección y favoreciendo la adquisición de mecanismos de resistencia frente a los antibióticos. Por este motivo, la caracterización de amebas de vida libre y sus bacterias endosimbiontes es de gran importancia para evitar posibles brotes que supongan un riesgo para la Salud Pública. En este trabajo se ha realizado la identificación y estudio genotípico de diferentes cepas de amebas de vida libre mediante técnicas de microscopía y biología molecular, las cuales han mostrado una gran heterogeneidad en cuanto a crecimiento y factores de patogenicidad. Además, se ha realizado un estudio exhaustivo de tratamientos antimicrobianos para la queratitis producida por Acanthamoeba y se han propuesto tratamientos alternativos que suponen una mejora tanto como amebicidas como para la calidad de vida del paciente. Finalmente, se ha procedido a la caracterización de bacterias endosimbiontes de las amebas estudiadas, así como la búsqueda e identificación de integrones y caracterización de genes de resistencia a antibióticos, habiéndose así encontrado bacterias patógenas resistentes a estreptomicina y betalactámicos entre otros.