Single nucleotide polymorphism (SNP) analysis used for the phylogeny of the Mycobacterium tuberculosis complex based on a pyrosequencing assay
Cabal, A. ; Strunk, M. ; Domínguez, J. ; Lezcano, M.A. ; Vitoria, M.A. (Universidad de Zaragoza) ; Ferrero, M. ; Martín, C. ; Iglesias, M.J. (Universidad de Zaragoza) ; Samper, S.
Resumen: Background
Different polymorphisms have been described as markers to classify the lineages of the Mycobacterium tuberculosis complex. The analysis of nine single nucleotide polymorphisms (SNPs) was used to describe seven SNPs cluster groups (SCGs). We attempted to classify those strains that could not been categorized into lineages by the genotyping methods used in the routine testing.
Results
The M. tuberculosis complex isolates collected in 2010 in our region were analysed. A new method based on multiplex-PCRs and pyrosequencing to analyse these SNPs was designed. For the pyrosequencing assay nine SNPs that defined the seven SCGs were selected from the literature: 1977, 74092, 105139, 232574, 311613, 913274, 2460626, 3352929 and gyrA95. In addition, SNPs in katG463, mgtC182, Ag85C103 and RDRio deletion were detected.
Idioma: Inglés
DOI: 10.1186/1471-2180-14-21
Año: 2014
Publicado en: BMC MICROBIOLOGY 14, 21 (2014), [9 pp.]
ISSN: 1471-2180
Factor impacto JCR: 2.729 (2014)
Categ. JCR: MICROBIOLOGY rank: 51 / 119 = 0.429 (2014) - Q2 - T2
Financiación: info:eu-repo/grantAgreement/ES/FIS/FIS09-051
Financiación: info:eu-repo/grantAgreement/ES/FIS/FIS12/1970
Tipo y forma: Artículo (Versión definitiva)
Área (Departamento): Área Microbiología (Dpto. Microb.Med.Pr.,Sal.Públ.)
Área (Departamento): Área Medic.Prevent.Salud Públ. (Dpto. Microb.Med.Pr.,Sal.Públ.)
Debe reconocer adecuadamente la autoría, proporcionar un enlace a la licencia e indicar si se han realizado cambios. Puede hacerlo de cualquier manera razonable, pero no de una manera que sugiera que tiene el apoyo del licenciador o lo recibe por el uso que hace. No puede utilizar el material para una finalidad comercial. Si remezcla, transforma o crea a partir del material, no puede difundir el material modificado.
Exportado de SIDERAL (2021-06-18-11:14:21)
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Different polymorphisms have been described as markers to classify the lineages of the Mycobacterium tuberculosis complex. The analysis of nine single nucleotide polymorphisms (SNPs) was used to describe seven SNPs cluster groups (SCGs). We attempted to classify those strains that could not been categorized into lineages by the genotyping methods used in the routine testing.
Results
The M. tuberculosis complex isolates collected in 2010 in our region were analysed. A new method based on multiplex-PCRs and pyrosequencing to analyse these SNPs was designed. For the pyrosequencing assay nine SNPs that defined the seven SCGs were selected from the literature: 1977, 74092, 105139, 232574, 311613, 913274, 2460626, 3352929 and gyrA95. In addition, SNPs in katG463, mgtC182, Ag85C103 and RDRio deletion were detected.
Idioma: Inglés
DOI: 10.1186/1471-2180-14-21
Año: 2014
Publicado en: BMC MICROBIOLOGY 14, 21 (2014), [9 pp.]
ISSN: 1471-2180
Factor impacto JCR: 2.729 (2014)
Categ. JCR: MICROBIOLOGY rank: 51 / 119 = 0.429 (2014) - Q2 - T2
Financiación: info:eu-repo/grantAgreement/ES/FIS/FIS09-051
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Tipo y forma: Artículo (Versión definitiva)
Área (Departamento): Área Microbiología (Dpto. Microb.Med.Pr.,Sal.Públ.)
Área (Departamento): Área Medic.Prevent.Salud Públ. (Dpto. Microb.Med.Pr.,Sal.Públ.)
Debe reconocer adecuadamente la autoría, proporcionar un enlace a la licencia e indicar si se han realizado cambios. Puede hacerlo de cualquier manera razonable, pero no de una manera que sugiera que tiene el apoyo del licenciador o lo recibe por el uso que hace. No puede utilizar el material para una finalidad comercial. Si remezcla, transforma o crea a partir del material, no puede difundir el material modificado.Exportado de SIDERAL (2021-06-18-11:14:21)
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Registro creado el 2015-10-28, última modificación el 2021-06-18