Abstract: Las técnicas inmunoquímicas son muy usadas actualmente en el control de calidad en la industria alimentaria, al presentar una alta sensibilidad y especificidad, además de ser sencillas, rápidas y de bajo coste. Sin embargo, hay que considerar que, en el análisis de alimentos procesados, los tratamientos tecnológicos pueden alterar la solubilidad de la proteína diana, dificultando su extracción o desnaturalizarla, destruyendo epítopos que son reconocidos por sus anticuerpos específicos. En esta tesis, se ha estudiado el efecto que los tratamientos tecnológicos, fundamentalmente los térmicos, tienen sobre la determinación de algunas proteínas alergénicas, la β–lactoglobulina de la leche y el ovomucoide del huevo, y de la proteína recombinante Cry1A(b) del maíz transgénico, para controlar la fiabilidad de los sistemas de detección basados en técnicas inmunoquímicas. Además, se ha estudiado el efecto de la pepsina en la degradación de la proteína Cry1A(b), estudio que es importante para evaluar su potencial alergenicidad.