Abstract: Se describe, por primera vez, la evolución clínica durante nueve años de un paciente con síndrome de microdelección 16p11.2 (delección de alrededor de 600kb que afecta a 26 genes) y síndrome de Klinefelter, que debuta perinatalmente cumpliendo los criterios clínicos del Síndrome Cornelia de Lange (SCdL), para, poco a poco, ir dejando atrás este fenotipo, e ir adquiriendo algunas de las manifestaciones típicas de la microdeleción 16p11.2. Aunque la genética de la microdelección 16p11.2 es bien conocida, la clínica es extremadamente variable, siendo difícil llegar al diagnóstico por el fenotipo. El paciente presentado sirve para describir un nuevo grupo de manifestaciones del síndrome que semejan a las halladas en el SCdL. El conocimiento de la estructura, función y patología de las proteínas codificadas por lo genes deleccionados, se ha visto ampliado enormemente en los últimos años, gracias a la disponibilidad de información de bases de datos como NCBI, OMIM, Genecards, Uniprot, Bgee, Hive Biochemistry y DisGeNET. Todo ello, permite empezar a establecer relaciones de causalidad entre genotipo y fenotipo cada vez más ajustadas. En este trabajo se sugiere la posible implicación de los genes TBX6 y PPP4C en la génesis del fenotipo, sobre todo facial, del síndrome de la microdelección 16p11.2. Sus funciones probadas en el desarrollo de la forma corporal y sus conexiones funcionales con los genes causales más importantes del SCdL (NIPBL y HDAC8) refuerzan esta hipótesis.