Resumen: Este artículo derivado de una investigación de corte cualitativo parte de la problemática de la enseñanza y aprendizaje de los ecosistemas en la formación inicial de maestros. Los ecosistemas, como sistemas biológicos complejos, presentan numerosos componentes que se relacionan entre ellos y sufren cambios temporales, lo que supone un reto no solo para su aprendizaje, sino también para su enseñanza. El objetivo del mismo es analizar los aprendizajes, dificultades y percepciones de los maestros en formación durante el desarrollo de una secuencia de actividades sobre ecosistemas. Dicha secuencia se estructuró en tres fases: 1) construcción de ecosistemas; 2) debate sobre cómo trabajar los ecosistemas en primaria tras la visualización de vídeos donde niños de primaria realizan explicaciones sobre ecosistemas construidos en el aula; 3) diseño de una propuesta sobre ecosistemas basada en el planteamiento de cuestiones desde una perspectiva sistémica. La secuencia fue analizada a través de estudio de caso, utilizando como herramientas de registro de la información cuadernos de laboratorio y grabaciones de audio. Los resultados muestran las dificultades de los maestros en formación inicial a la hora de expresar las relaciones observadas entre los elementos del ecosistema construido; la implicación profesional que genera el debate tras la visualización de situaciones reales de aula; y la presencia de demandas mayoritariamente centradas en la identificación de los elementos del ecosistema cuando diseñan sus propuestas.